距离上一季结尾（Tom登上外星入侵者的飞船）已经过去三个月时间。Weaver仍然是第二独立团的指挥官，Anne继续担当随团医生的重任。他们经历了更多的战斗，也了解到更多与外星人有关的信息。Pope成了「狂暴战士」（Berserkers）的指挥官－－他们由Weaver不信任的一群人组成，但他们仍然隶属于第二独立团。Tom突然回到第二独立团，所有人都对他「忠诚」感到怀疑。与此同时，Ben不断挑战Hal的权威，导致这两兄弟的矛盾进一步加深。