除掉华妃之后，陵容向皇后说起皇帝称甄嬛为“菀菀”一事，皇后感到甄嬛带来的威胁，因为“菀菀”是已故纯元皇后的小名，甄嬛的封号也是由此而来，心生妒意。皇后唆使祺贵人让其父瓜尔佳鄂敏在前朝挑拨皇帝与甄远道之间的关系。鄂敏奏报皇帝，甄远道家中有文字狱主犯钱名世的诗集，皇帝心生芥蒂。皇帝本性多疑，在皇后的唆使下，察觉到甄嬛爱读政要史书，内心不悦，有意疏远。皇帝为了制衡各方势力，对平乱有功的臣子并未赋予太多实权，对功臣之女也并不十分宠爱，但也不冷落，太后赞赏皇帝的做法，皇帝再次提起隆科多之事，并希望皇额娘不要干政。册封礼前，甄嬛发现礼服有破损，便草率地穿着内务府送来的替代礼服前往受礼现场。皇后当场指认甄嬛身上的衣服系已故纯元皇后的旧衣，皇帝更是错认甄嬛为纯元；皇帝被揭破秘密，尴尬恼怒，指责甄嬛冒犯纯元皇后，将其囚禁于碎玉轩，非召不得出，日常份例皆按答应的标准，并下令杖毙了内务府总管姜忠敏，就连当初做过甄嬛教引姑姑的芳若也被打发到了太后身边。甄嬛始知自己原来一直都是纯元皇后的替身，彻底心碎。眉庄冒死奔走于皇后与太后宫中为其求情，但两宫都不愿意出面干预此事。