近年来港片式微，《使徒行者》的强势归来，好看的故事加上斗智的内容，成为观众热议的话题，在票房一路高歌的同时，电影中的不少桥段也让影迷们脑洞大开——由于剧情反转较多，引发观众对人物和剧情做出多种猜测。作为一部警匪卧底电影，在电影《使徒行者》中，卧底真身是故事最大谜底，在电影前半部分，古天乐饰演的邵志朗疑点重重，他的种种行为举动都暗示着他就是卧底Black Jack。而随着剧情的发展，观众惊奇地发现，Black Jack其实另有其人，那么，邵志朗为什么要冒任卧底?电影中的真假卧底，也引起了观众的讨论。
西安影迷李小林认为，“邵志朗之所以要冒任卧底，一方面是为了截下黑帮毒品，另一方面，为了自己有保护伞，能够得到警察的保护。”另一位影迷马军认为，“在电影里，蓝博文(张家辉饰)的档案已经被损坏无法复原了，所以邵志朗才铤而走险冒任卧底和警方联系，想要通过警方获取消息，从而吞掉货物上位。”此外，片中蓝博文的身份和他在生命最后的喃喃自语，都引发了观众的众多猜测。
在电视剧《使徒行者》中，警长康道行是卧底联系人，因为他的意外死亡导致了五位卧底失联，康sir是剧版的重要人物，也是故事的起源。在影版《使徒行者》中，蓝博文(张家辉饰)的身份也引发了影迷的各种猜想，有人认为，蓝博文就是康sir的儿子!证据一：在剧版《使徒行者》中，康sir曾玩过魔方，当时康sir说这是他儿子教给他的，而在影版《使徒行者》中，魔方是蓝博文的重要角色道具;证据二：在电影中，钉姐曾提到康sir的儿子叫“博仔”，在结尾处的对话中，蓝博文则自称“博仔”，名字可以对应;证据三：在电影结尾处，蓝博文小时候照片曝光，正是在暗示他是康sir的儿子。
不过，细心的网友则发现了这一假设中的年龄Bug，如果生于1969年的康sir是蓝博文的爸爸，那么真是逼着观众们脑补由张家辉所出演的蓝博文是个90后。然而，蓝博文是康sir儿子这一大胆猜测则被导演文伟鸿否定了，导演表示：“(那些魔方剧情)剧情只代表阿蓝也曾经听过康sir讲他儿子教他玩特色魔方而已。
在电影结尾处，浴血奋战的蓝博文倒在街上，在生命的最后，他口中喃喃自语，观众却无法听清他嘴中的台词，有观众认为，在此处，蓝博文对邵志朗说的是“You are Black Jack!”表明了卧底身份的传递，蓝博文留给邵志朗一个警察身份。也有脑洞大开的网友对影片中的“兄弟情”入戏太深，认为生命弥留之际，蓝博文对邵志朗说的是“爱过”。
